Папские ограничения создали серьезные препятствия для распространения христианства в Китае. В целях борьбы с культом предков новообращенным было запрещено держать дома ритуальные таблички с именами предков, отлучением от церкви каралось даже коленопреклонение перед гробом. Запрещение государственных ритуалов создавало препятствие для служебной и научной карьеры, так как христианам было запрещено участвовать в обязательных ритуалах, связанных с почитанием Конфуция. Активная борьба европейцев с «язычеством», вплоть до давления на китайского императора, вызывала ответные антихристианские настроения в руководстве страны, которые усилились после смерти императора Канси.

Новый император Юнчжэн, занявший трон в 1723 году, запретил деятельность католических миссий. Он отменил указ своего предшественника от 1692 года, а в китайское законодательство была включена статья, определявшая христианство как запрещенную еретическую секту [173] . Большинство миссионеров в 1724 г. выслали в Гуанчжоу, а в 1732 г. перевели в Макао [174] . Было разрушено более 300 храмов, многих миссионеров, нарушавших запрет на миссионерскую деятельность, казнили или посадили в тюрьмы. Китайская христианская община, численность которой оценивают в 150–300 тыс. человек, стала деградировать. Занявший в 1735 г. престол новый император Цяньлун продолжил антихристианскую политику своего предшественника. Современник тех событий, Жан Батист Дюгальд (1674–1743), писал: «Миссионеры были выгнаны из церквей и остались терпимы только в Пекине и Кантоне; более трех сот церквей разорены и на светское определены употребление; и более трех сот тысяч христиан лишены пастырей» [175] . После указов 1724–1725 годов при дворе осталось 14 иезуитов, еще 14 миссионеров нелегально жили в провинциях. В новых условиях возникла необходимость организации работы с китайцами в Европе, например, Маттео Рипа с четырьмя учениками покинул Пекин и выехал через Лондон в Неаполь, где в 1732 г. организовал колледж для китайских учеников [176] .

Несмотря на введенный с 1732 г. запрет на христианскую миссионерскую деятельность, католическая церковь не ушла из Китая, сохранив свое официальное присутствие в Пекине, и полулегальное или нелегальное в других районах Цинской империи. Китайские власти боролись с нелегальным миссионерством. В сентябре 1746 г. в провинции Хэнань был схвачен француз Жан Франсуа, который умер от пыток. Два иезуита умерли в тюрьме в 1748 году. В 1755 году, уже после выхода приказа местных властей о запрете христианства, было арестовано 50 китайцев из числа активных христиан. Несмотря на репрессии, христианские миссионеры старались и далее активно работать в Китае. В 1765 г. епископ Лэмбекховен крестил 1450 китайцев, в 1770–1775 годах в Китае было обращено в христианство около 3 тыс. человек. Среди иезуитов–миссионеров в это время большой известностью пользовался ректор Восточной коллегии иезуитов в Пекине немец Бар [177] , составлявший катехизаторские [178] поучения для детей.

В конце XVIII века католики по–прежнему продолжали выполнять роль посредников во взаимоотношениях между Китаем и странами Запада. Глава самой известной британской дипломатической миссии той эпохи лорд Макартней имел рекомендательные письма для католических миссионеров в Пекине «от их начальников и приятелей в Италии». Китаец–католик выполнял обязанности переводчика в посольстве [179] .

Деятельность миссионеров в Китае осложняло не только сохранившееся противостояние католических орденов, но и развивавшийся в их среде национализм, борьба между представителями разных наций. В 1762 г. Конгрегация пропаганды в Риме [180] разделила Китай, отдав шесть провинций португальцам, шесть французам и по две испанцам и итальянцам. Миссии оказались независимы от трех дальневосточных епископов. Храмы Наньтан и Дунтан управлялись иезуитскими «вице–провинциалиями» [181] , Бэйтан иезуитами французской миссии, Ситан совместно. В 1770–х годах в Пекине шла острая борьба, было несколько епископов, которые не признавали друг друга и даже объявляли об отлучении друг друга от церкви. Вице–провинциалий Эспинью боролся с Лэмбекховеном [182] . Салюсти, назначенный в 1778 г. португальским королем епископом в Пекин, отлучил от церкви несколько высших церковных иерархов в Китае [183] . В 1785 г. новым епископом Пекина стал францисканец Александр де Гувэ, остававшийся на этом посту до своей смерти в 1808 году [184] . Французская миссия в Пекине в составе 5 французов и 5 китайцев обслуживала китайцев–христиан в Чжили и Ляодуне, всего более 10   тыс. человек.

Общество иезуитов не смогло противостоять новым тенденциям развития церкви и наций в Европе. В 1757 г. епископ Макао не признал назначение главой Пекинской епархии иезуита Лэмбекховена, в 1759 г. в Португалии вышел указ о запрете Общества Иисуса, и в 1762 г. прошли аресты иезуитов в Макао, их имущество было конфисковано в пользу португальской короны. После роспуска в 1773 г. Общество Иисуса и иезуитское общество раскололись, часть миссионеров заявила, что останутся иезуитами до официального опубликования этого решения в Пекине [185] . Прокуратор французских иезуитов в Кантоне Луи Джозеф Лефевр (1706–1783) вернулся во Францию. В Китае остался Сю Маошэн Симонелли, в 1785 г. он был арестован и умер в тюрьме. Место иезуитов в Китае в 1783 г. заняли лазаристы. В 1785 г. в провинциях Китая оставалось лишь три иезуитских священника, но официально было объявлено, что полномочия иезуитов Римом переданы винсентианцам [186] . Несмотря на гонения, иезуиты в Китае в конце XVIII начале XIX века не исчезли, хотя к 1800 г. в Пекине жили лишь несколько миссионеров, бывших иезуитов. Необходимо отметить, что само Общество иезуитов сохранилось лишь благодаря пограничной с Китаем России [187] . Генерал Ордена иезуитов Грубэр в 1802 г. получил от Папы Римского разрешение назначить в Пекин бывших иезуитов [188] . Павел I готовил к отправке в Пекин иезуитскую миссию, которая натолкнулась на различные препятствия в Европе и не смогла отправиться морем в Китай ни через Лондон, ни через Лиссабон [189] .

В 1812 г. три иезуита Сибирской миссии прибыли в Иркутск, имея инструкцию обратить внимание на возможность восстановления деятельности Общества Иисуса в Китае [190] . Последний иезуит в Пекине Луи Антуан да Пуаро умер в 1813 году.

В начале XIX века, в ситуации упадка Цинской империи, китайские власти крайне ограничили всякое иностранное присутствие в своей стране. Антихристианская кампания развернулась в годы правления императора Цзяцина (1796–1820). В начале своего правления император Цзяцин относился к христианам достаточно благосклонно. Но ситуация кардинально изменилась в 1805 году, когда один иезуит отправил в дар Папе Римскому 16–летнего китайца, а другой миссионер отправил в Европу подробную карту одной из провинций. В провинции Цзянси была перехвачена карта одного из районов Китая, на которой было отмечено месторасположение приходов различных христианских орденов, соперничавших за влияние здесь [191] . После этого последовал запрет на печатание и хранение христианских книг, запрет для жителей страны на переход в католичество и введение жесткого контроля за иностранцами. Государственным служащим было приказано отказаться от христианства, а не выполнившие это предписание были подвергнуты репрессиям. В четырех пекинских католических монастырях было приказано уничтожить богословскую литературу. С 1805 г. в Китае стала применяться заимствованная из Японии практика выявления христиан — «фумиэ», когда подозреваемым предлагалось топтать крест. Отказавшихся это сделать изобличали как преступников.