Положительное отношение китайского духовенства к идее строительства Китайской православной церкви у некоторых из них сочеталось с шовинистическими и националистическим настроениями, приведшими к расколу. Сепаратистов возглавил переведенный в Шанхай владыка Симеон (Ду), который старался посеять среди китайского духовенства недоверие к экзарху [669] . Он считал, что прежде дарования Китайской церкви статуса автокефалии необходимо открытие автономной епархии, во главе которой должен стоять епископ–китаец с наименованием епископ Пекинский и всего Китая. Он просил разрешения открыть подворья Китайской православной церкви в пределах Пекинской, Харбинской, Тяньцзинской и Синьцзянской епархий. Не дожидаясь ответа из Москвы, владыка Симеон разослал всем православным китайцам в пределах этих епархий анкеты, в которых просил высказать их мнение о его проекте создания автокефальной церкви в Китае.
Глава миссии старался снискать расположение со стороны властей КНР для получения их согласия на регистрацию епархиального управления и приходов. Ради этого он безвозмездно передал китайским властям земельные участки в Бадаханьгоу, Калгане, Дундинани, Бэйдайхэ, Лаошани и в провинции Цзянси. Несмотря на это власти КНР предпринимали попытки препятствовать деятельности Русской духовной миссии [670] . Не было разрешено издание журнала «Китайский благовестник», в силу трудностей с получением разрешений на поездки по Китаю почти отсутствовала связь между православными епархиями и приходами. Городские власти Пекина обязали миссионеров принимать участие в общественно–полезных работах.
В первые же годы существования КНР православная церковь в Китае столкнулась с материальными проблемами. Например, в 1952 г. доходы Шанхайской епархии сократился на 60% [671] . Епископ Симеон (Ду) предлагал закрыть все храмы, оставив открытым только кафедральный собор. Была закрыта катехизаторская школа. К лету 1954 г. в Шанхае оставалось около 200 русских верующих, китайская же паства не насчитывала и 70 человек. Единственным источником существования епархии служило очень незначительное пособие от патриархии. То же произошло и на КВЖД, где после отъезда русских почти не осталось православных. Например, в середине 1950–х годов церковь Казанской Божьей Матери в г. Якэши имела почти 2 тыс. прихожан, в числе которых было лишь два китайца, а остальные русские или потомки смешанных браков [672] . Не случайно, церкви стали закрываться уже в начале 1940–х годов, по мере выезда русского населения [673] .
Все эти проблемы заставили архиепископа Виктора обратился к патриарху с просьбой о реорганизации церковного управления в Китае и упразднении Российской духовной миссии. 30 июля 1954 г. Священный Синод под председательством патриарха постановил упразднить Российскую духовную миссию в Китае, оставив все православные храмы в Китае в ведении экзархата Московской Патриархии в Восточной Азии [674] . Пребывание архиепископа Виктора в Москве 12–27 июня 1954 г. и дальнейшие изменения в общественной жизни КНР привели к принятию решения об упразднении Восточно–Азиатского экзархата. Архиепископу Виктору предложили через посольство СССР в КНР ознакомиться с мнением китайского правительства о дальнейших формах управления Китайской православной церковью [675] . Харбинский епископ Никандр и русское духовенство были извещены о том, что все желающие выехать в СССР должны обращаться в советские консульства для получения въездных виз [676] . Начальнику миссии в Пекине также предложили по завершении реорганизации церковного управления в КНР приехать в Советский Союз. Все недвижимое имущество экзархата подлежало передаче китайскому правительству, а Северное подворье (Бэйгуань) — советскому посольству. Для решения всех возникших вопросов в Китай командировали епископа Мукачевского и Ужгородского Иллариона и протоиерея Николая Наумова [677] . В октябре 1954 г. архиепископ Виктор приказал начать передачу недвижимого церковного имущества китайским властям [678] .
Упразднение православной миссии и передача властям КНР имущества не ликвидировали раскол в православной церкви в Китае. Симеон (Ду) опубликовал в «Церковном листке» свое мнение о путях реформирования церковной жизни в Китае. Отказавшись взять публично обратно свое мнение, он просил об увольнении. Находившаяся в Пекине делегация патриархии и экзарх обратились к архимандриту Василию (Шуан) [679] с просьбой согласиться на хиротонию в сан епископа, чтобы возглавить Китайскую православную церковь. В октябре 1955 г. архимандрит Василий принял это предложение, а в апреле 1956 г. начальник Отдела по делам религий при Госсовете КНР Хэ Чэнсян дал согласие на назначение архимандрита Василия (Шуан) епископом Пекинским. Он должен был также временно исполнять обязанности главы Китайской православной церкви. Архиепископу Виктору предложили сдать преемнику все церковные дела и имущество Пекинской епархии [680] .
30 марта 1956 г. недвижимое имущество Русской православной церкви в Китае безвозмездно передали государственным властям КНР. Движимое имущество становилось собственностью Китайской православной церкви. Вся территория Бэйгуаня была передана советскому посольству. Последний русский архиерей, архиепископ Виктор (Святин), выехал из Пекина 24 мая 1956 г. и пересек границу КНР 26 мая [681] . В СССР Виктор (Святин) возглавил Краснодарскую епархию и был хиротонисан в митрополиты. Командированный еще в 1933 г. из Пекина в Гонконг священник Дмитрий Успенский отказался подчиниться китайским епископам [682] .
После отъезда Виктора (Святина) из Китая положение православной миссии оставалось неопределенным. Единственным епископом там был Симеон, которого в Москве не хотели видеть во главе Китайской автономной церкви, но он фактически и руководил церковными институтами, и духовенством. В 1956–1957 годах в Москве был утвержден проект о даровании автономии Китайской православной церкви и хиротонии в епископа Пекинского архимандрита Василия (Шуана). Избрать главой Китайской церкви епископа мог только Собор, но он так и не был созван в Китае. Кроме того, епископ Василий отказался возглавить Харбинскую епархию, полагая, что она должна управляться епархиальным советом. Китайская православная церковь быстро пришла в упадок [683] .
В Синьцзяне китайская православная община также не сформировалась, и к 1956 г. там остался служить лишь один русский священник — архимандрит Софроний, назначенный в 1954 г. настоятелем прихода в Кульдже и благочинным Синьцзяна [684] . В 1957 г. Синьцзянское благочиние формально подчинили Пекинской епархии, но просьба священника Софрония прислать ему на смену священника–китайца так и не была удовлетворена [685] . В январе 1959 г. настоятель храма в Тяньцзине Иоанн (Ду) попросил перевести его служить в России. В 1960 г. епископ Василий заболел и в 1962 г. умер. В середине 1964 г. в Пекине закрыли последний православный храм, а в 1965 г. в Шанхае скончался последний китайский архиерей — епископ Симеон (Ду) [686] . В Харбине к началу 1966 г. осталось лишь четыре православных священника [687] , в Пекине — три, во Внутренней Монголии, включая Трехречье, — два.