После окончания гражданской войны на Дальнем Востоке, в сентябре 1922 г. была открыта Харбинская епархия при 28 церквях, имевшая статус временной [589] . Епархию последовательно возглавляли выехавшие в 1920 г. в Китай архиепископ Оренбургский и Тургайский Мефодий (Герасимов) [590] и архиепископ Нерчинский и Забайкальский Мелетий (Заборовский) [591] . В архиерейский сан посвятили протоиерея Николая Вознесенского, ставшего епископом Дмитрием Хайларским, и архимандрита Ювеналия (Килина), ставшего епископом Цицикарским. Епископ Нестор основал Камчатское подворье в Харбине. В 1929 г. в епархии насчитывалось более 40 приходов, три бесприходных храма, молитвенный дом и два монастыря (женский и мужской). В самом Харбине имелось 14 приходов и три бесприходных храма, а также молитвенный дом в городской тюрьме, два монастыря и одна закрытая церковь. В 1920–1930–х годах в Трехречье, где компактно проживало русское казачье население, построили пять церквей и один монастырь, в 1930 г. церковь в городе Сахаляне (напротив Благовещенска) также вошла в Харбинскую епархию. Центром православной жизни в Маньчжурии с 1900 по 1966 год был Свято–Николаевский кафедральный собор [592] . Православная церковь в Маньчжурии практически не занималась миссионерской деятельностью, но о влиянии православия на китайцев говорит тот факт, что китайские власти не позволили советскому руководству КВЖД в 1924 г. убрать с вокзала в Харбине икону Святителя Николая, мотивирую это тем, что икона пользуется почитанием у местного населения.
Непростая ситуация с развитием православия сложилась в Синьцзяне, куда в 1920 г. вместе с отступившими белыми воинскими частями прибыло несколько священников. В Суйдуне (район Кульджи), Чугучаке и Урумчи служили Феодосий Солошенко, Григорий Штокалко, Василий Федюшин и др. Во второй половине 1920–х годов синьцзянские приходы были объединены Иннокентием (Фигуровским) в отдельное благочиние во главе с иеромонахом Серафимом [593] .
Церковная православная жизнь в Китае осложнялась спорами между двумя центрами — Пекином и Харбином. Например, когда Пекинская миссия открыла храм в Хайларе, со стороны Харбинской епархии последовал протест, однако спор не получил канонического завершения. Но когда в Шанхае открывалось Харбинское подворье, Синод заставил передать его Пекинскому епископу. Вопрос о границах двух епархий был вынесен на рассмотрение Архиерейского Синода, который указом от 26 ноября (9 декабря) 1926 г. предложил архиепископу Мефодию и архиепископу Иннокентию организовать разграничительную комиссию [594] . В конце 1920–х годов произошел раскол православной общины и священничества в Шанхае [595] . Во время Второй мировой войны изменились границы юрисдикции двух православных центров в Китае. Летом 1942 г. из ведения Пекинской миссии в юрисдикцию Харбинской епархии перешли почти все церкви на территории Маньчжоу–го [596] .
К началу 1920–х годов на территории Китая, в Харбине и в Трехречье, образовалось несколько старообрядческих общин [597] . В 1917 г. старообрядцы, проживающие в Харбине, объединились в приход, образовав в Петропавловскую общину. В начале 1921 г. в Харбин эмигрировал старообрядческий епископ Амурско–Иркутский и всего Дальнего Востока Иосиф [598] . В конце 1922 г. приход харбинских старообрядцев возглавил о. Иоанн Кудрин, а в 1925 г. в Харбине был освящен Петропавловский старообрядческий кафедральный храм–собор. После смерти епископа Иосифа в Харбине сложилась конфликтная ситуация, расколовшая старообрядческую общину, что стало предметом рассмотрения на заседании Освященного Собора Древлеправославной Старообрядческой Церкви Христовой в Москве 1 сентября 1927 года. На этом же Соборе заслушали отказ епископа Климента (Логинова) управлять Амурско–Иркутской епархией из‑за несогласия некоторых приходов, что было принято Собором. В 1929 г. на Иркутско–Амурскую кафедру возведен епископ Афанасий (Федотов) с наречением титула Амурско–Иркутский и всего Дальнего Востока [599] . Ему поручались все приходы епархии, находящиеся как на территории Советской России, так и в Китае. В ведении епископа Афанасия, жившего в Забайкалье, приходы находились до 1937 года [600] .
В начале 1930–х годов отдельный приход открыли в с. Покровка, на р. Илгачи. Покровку населяли выходцы из Забайкалья, Западной Сибири и центральной части России. Храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы построили в селе на вершине самого высокого холма [601] . В 1932 г. настоятелем этого храма назначили о. Иоанна Старосадчева. Кроме старообрядцев белокриницкой иерархии в Китае проживало и значительное количество старообрядцев–беспоповцев поморского согласия, имевших несколько общин в Харбине и других местах Китая. В целом, их численность в Китае в первой половине XX века достигала несколько тысяч человек, только в Северо–Хинганской провинции по статистике в 1939 г. проживало 1700 старообрядцев.
Слабость православных институтов в Китае способствовала усилению движения экуменизма, униаты образовали «Русскую католическую Церковь». Их влияние было заметным в Харбине, Тяньцзине и Шанхае. Первыми православными священниками в Китае, воссоединившимися с Вселенской церковью в диаспоре, были отец и сын Коронины. Протоиерей Константин Коронин воссоединился с Римом в 1923 году, его отец протоиерей Иоанн — в 1925–м. Затем к этой конфессии присоединились архимандрит Николай Алексеев, иерей Захарий Ковалев и диакон Георгий Гиц. В 1927 г. отец Николай удалился в монастырь францисканцев в г. Цинанфу, в следующем году переехал в Пекин, где апостольский делегат архиепископ Константин совершил над ним обряд присоединения к католической церкви. В 1928 г. Папа Римский отправил униатского священника в Харбин. 31 марта 1928 г. в Харбине была учреждена Русская католическая епархия [602] . Ее административное руководство осуществлял назначенный 31 марта 1928 г. управляющим «Русской Католической Епархией византийско–славянского обряда в Маньчжурии» доктор богословия, архимандрит Фавиан Абрантович [603] , который прибыл в Китай 6 ноября 1928 года [604] .
В декабре 1929 г. в польской семинарии был открыт приют для русских сирот, который получил название «Русское Католическое Епархиальное Училище», а позднее — Лицей Св. Николая [605] . В начале 1930–х годов небольшая русская католическая община, численностью около 200 человек, сложилась в Шанхае, в 1930–х годах район Шанхая был выделен в отдельную Греко–католическую епархию при сохранении общего руководства за архимандритом Фавианом Абрантовичем [606] . В клире русской католической епархии в Китае на 1935 г. состояло пять иереев и иеромонахов, один иеродиакон, четыре монаха, 12 монахинь, принадлежавших с Ордену урсулинок [607] , 14 сестер из Ордена францисканок. Миссия сестер урсулинок была открыта в 1928 г. в Харбине для сближения православных и католиков из числа эмигрантов из России. Присланные из Европы монашки во главе с игуменьей Лайолой Марией Сливовской [608] основали рядом с польским костелом Конвент (колледж) Святой Урсулы. Для сближения с ученицами православного происхождения католические монашки приняли византийско–славянский обряд. Монахини, урсулинки и францисканки занимались педагогическими и воспитательными инициативами. Среди воспитанниц колледжа урсулинок были и китаянки [609] . Русских католиков–мирян насчитывалось в Харбине около 150 человек. В Тяньцзине служил священник–униат Диодор Колпинский [610] . В 1939 г. Папа Римский назначил апостольским администратором Маньчжурии, руководителем миссии восточного обряда и директором Лицея Св. Николая в Харбине архимандрита Андрея Цикото [611] . В 1948 г. католический апостольский администратор был арестован в Харбине китайскими властями и передан советским органам.